Diplômé de l'Ecole Centrale de Paris et Master of Science de l'Université de Berkeley, Emmanuel PAVAGEAU débute sa carrière en tant que responsable de l'Informatique Scientifique de la société de Génie Civil Campenon-Bernard. Joignant le groupe General Electric en 1980, il y occupe différentes fonctions commerciales et techniques dans l'activité d'automatisation industrielle, avant de joindre la division GE-Medical Systems en 1989, à la fusion avec la Société d'imagerie médicale THOMSON-CGR. Il assure les fonctions de Directeur de l'Informatique de l'Image et de Directeur de la Recherche pour l'Europe, et, à ce titre, dirige la stratégie de développement de la station multimédia du radiologue Advantage Windows, devenue référence du marché.

En 1994 il est nommé Directeur de l'Ingénierie Vasculaire au siège de GE à Milwaukee (Etats-Unis), où il encadre le développement et le déploiement de la ligne de produits d'angiographie LC, incorporant des fonctionnalités d'imagerie tridimensionnelles cardiaques et vasculaires. De retour en France il joint le Groupe CS en 1997, pour définir la stratégie industrielle dans le domaine des systèmes d'information médicale multimédia et de la télémédecine.

En février 1999, il crée la « start-up » 2IM Conseil, société anonyme au capital de 301.000 Euros spécialisée dans le service et conseil en informatique multimédia médicale avec traitement d'images radiologique. L'activité de 2IM se focalise sur les réseaux de soins territoriaux, gérés par les professionnels de santé. Depuis 2005 2IM participe au projet du déploiement national du DMP - Dossier Médical Personnel. En 2007, 2IM investit à l'international, en assurant différentes missions de conduite de projet en organisation médicale dans les pays de l'Est, en liaison avec General Electric.

En juin 2009, Emmanuel PAVAGEAU se voit confier la coordination du pôle "Solutions technologiques et produits" de la Commission parlementaire Télésanté, sous la direction de M. Pierre LASBORDES, député de l'Essonne.